廠徽說明：
1.交叉之魚雷與飛彈，為戰系廠主要維修裝備之核心。
2.紅色符號為火砲及光指儀之瞄準圈，代表光電及雷達射控系統
3.四個橢圓電子模型，代表戰系廠維修之電子系統，亦代表該廠馬公、基隆、蘇澳及旗津四個維修站與母廠環環相扣。
4.外圈以24齒齒輪，形狀亦如火砲膛線，復以海錨為核心，喻該廠24小時日夜支援艦艇戰鬥系統修護之精神。
5.整體概念乃傳達該廠全體同仁為海軍戰鬥系統維修戮力躬勤，枕戈待旦，日以繼夜，汲汲相勉之自我期許。
單位沿革：
海軍戰鬥系統工廠前身為海軍第一造船廠之「兵器系統中心」，負責海軍各型傳統武器之保修任務，其後因精裝、海欉等專案工程執行暨配合武進一、二號工程規劃，另成立「武進工程處」俾統合各專業人員執行專案工作。
民國69年8月奉令武進工程處改制成立「海軍飛彈工廠」，復於72年將兵器系統中心含其所屬工場全部併入飛彈工廠，同時廠長提升為少將編階，此時飛彈工廠已完成全軍主要兵器裝備修護整合，民國73年更名為「海軍兵器工廠」。
為配合國軍「精實案」政策實施，奉令於民國88年7月1日起將「海軍兵器工廠」、海軍第一造船廠「電子中心」及海二、三、四、五廠之「電子場、修械場」等單位合併成立「海軍戰鬥系統工廠」迄今。