兩棲偵察分隊至偵察連階段：
一、直屬司令部的偵察隊：主要任務係逐行地面情資蒐集並兼負兩棲偵察之任務。嚴格來說，此一時期的偵察隊係以逐行地面搜索任務為主，該單位的主要裝備為裝甲輪型車輛，對兩棲偵察任務的執行因非專責單位；故該單位僅有部分的成員曾受兩棲專長訓練。
二、隸屬於兩個陸戰旅的偵察分隊：其單位所有的成員皆經兩棲專長訓練，為逐行兩棲偵察的專責單位，亦為爾後偵搜部隊發展的主體。
兩棲偵搜營階段： 之後為因應國軍未來十年兵力精簡政策，第一階段目標本隊實施「堅實演習」偵搜部隊奉命於改編為隊屬兩棲偵搜營及師屬兩棲偵搜連。